1999年—2000年5月，为尧庙乡；2000年6月在原乡建制的基础上撤乡建镇，位于尧都区南郊，距城中心2公里。东临机场、西靠汾河、北连市区、南接襄汾。中外闻名的国祖尧庙就座落于境内。全镇共有12个行政村，2002年底，总户数4919户，人口19535人，耕地19600亩，总面积31.7平方公里，境内地势平坦，交通便利，1999年被原临汾地区确定为霍侯路沿线十个卫星城镇示范点之一。2000年被山西省政府确定为全省30个重点小城镇之一。2002年被尧都区政府列为尧庙旅游经济区，实施旅游和小城镇重点开发建设。1999—2002年，镇党委、政府围绕旅游开发建设和小城镇建设，紧扣经济增长和农民增收，加快产业结构步伐，逐步形成了中心城镇建设、专业市场、工业园区和农业产业化协调发展的格局，2002年，全镇工农业总产值实现3.5亿元，农村经济总收入12274万元总费用6752万元，农民人均纯收入达到3072元。

　　〔小城镇建设〕1999年镇党委、政府将发展小城镇、加快农村城市化、实现农村现代化作为推进尧庙经济社会发展的必由之路。经过多方考察，党政联席会议研究确立了“依托人文区位优势，突出文化特色，强化服务功能，建设旅游经济型小城镇”的总体思路。并专门聘请省小城镇发展中心对小城镇整体进行规划设计，构画了旅游景区、商务区、行政区及居民生活区四大区域和涉及尧庙、乔村、郭村、杜村在内小城镇远景蓝图，形成以华门为中心的“四纵六横”的道路框架。在报请区委、区政府批准后，以2000年撤乡建镇为标志，全面进入实施阶段，在区委、区政府的大力支持下，以尧庙宫为依托进行了大规模的旅游景区建设和尧庙居民新区建设。前期拆迁工作是整个工作中难度最大的工作，面临资金严重紧缺和群众不理解、不配合的困难，镇党委、政府一班人统一思想、齐心协力、克难攻坚、逐步推进，抽调精兵强将组成专门拆迁指挥部，负责评估、补偿等工作，同时在群众中广泛宣传政策和发展前景，并始终坚持公开、公平、公正的办事原则，时刻接受群众监督，解答群众疑惑，解决各类困难，在整个拆迁补偿工作中，集体单位主动配合，群众都心平气顺，无一户-告状，两次大面积拆迁共涉及企业单位11个，农户52户，拆迁总面积达3.5万平方米。.

　　2020年8月，山西省爱国卫生运动委员会命名尧庙镇为2020－2022周期山西省卫生乡镇。